En mer comme en eau douce, des algues microscopiques, aussi appelées phytoplancton, peuvent proliférer et colorer de bleu, de brun ou de rouge les eaux de baignade.

En eau de mer, ce phénomène appelé «fleurs d’eau» ne pose généralement pas de problème pour le nageur. Mais on évitera de consommer des coquillages. En eau douce, les risques sont liés à la présence de toxines libérées par les algues de la famille des cyanobactéries (appelées algues bleues). Elles se développent dans les eaux peu profondes, tièdes, calmes et riches en nutriments. Selon leurs types et la concentration, les toxines peuvent provoquer des gastro-entérites aiguës, voire des atteintes neurologiques.